まず、挙げられるのが日本は火山国で酸性土のため土壌にカルシウムが少ないということです。当然、水も、そこで生育する野菜類にしてもカルシウムが少ないといえます。また、土壌の肥料に人の排泄物を使わなくなったことも、カルシウム不足の一要因になっているといわれています。

とはいえ、日本は島国で魚や海藻など豊富な海産物がとれるわけですから、カルシウムも十分摂れるはずなのですが、戦後「食」の欧米化にともない、次第にこうした海産物の摂取も減り、カルシウム不足を招いているといわれています。

戦後インスタント食品などの加工食品が食卓におおくのぼることになりましたが、食感の向上や保存の目的で食品添加物として用いられるリン（燐）酸塩がカルシウムの吸収の阻害をしているといわれています。カルシウムとリンとの摂取比率は2:1が理想といわれていますが、リン系の添加物は多くの食品に利用されており、現代人は摂り過ぎ傾向にあります。

また、イオン化されたカルシウムですと、急激な血中濃度の低下からダウン症状（※純度が高いイオン化カルシウムの場合、服用すると、2〜4時間以内に、一時的に血中カルシウム値が急上昇し、その後急激に血中カルシウム値が下降し、およそ8時間後に正常値に戻る、といった現象）が生じることが懸念されています。